樹林到七堵是台鐵營運軌道中最繁忙的路段，平均每日單向約有150班車通過；依照鐵道專家估算，平均5分鐘就有一班車通過，扣除夜間養護鐵軌約5個小時，其餘19小時幾乎是滿載。台鐵運務處曾就如何增班有過多次討論，結論是：「想要從中塞進任何一班普悠瑪開往東部，就得要犧牲一班基隆往返的區間車或西部幹線的對號列車」。

舉例來說，週六晚間7時至7時30分汐止站會有連續4班自強號通過，區間車就無法停靠，在汐止候車的旅客最長得等半個小時才能搭到區間車進入台北市──因為要排開其他列車才能讓東部幹線列車通過。也就是說，當太魯閣號與普悠瑪號擠進這區間時，就要排擠基隆往返的列車。

想要解決這個難題，北宜直鐵的選項被提出。最初計畫是沿著雪隧興建，得經過翡翠水庫集水區，將比現行路線縮短26分鐘，但恐影響環境和集水區，台北市政府強烈反對，當時的交通部鐵工局修改方案東移為經雙溪的路線、避開水庫，比現行路線縮短18分鐘。

有專家指出，北宜直鐵是從南港站經雙溪到宜蘭，除了讓速度更快之外，更重要的是開往東部的自強號由目前嚴重「塞車」的七堵站，改到南港站發車。避開東西部幹線重疊困境，才能有效增加班次提升運量，效益不在提升10、20分鐘而已。

然而，只要開發便會涉及環境、投資效率等多方因素，必須經專業評估與社會共識。但不管是哪一種方案，政府相關單位都未能充分與人民溝通討論，人們不了解各種選項的意義，便無法下決定；某方面也反映出，政府並不把提升東部運量當成「要緊的事」。

直鐵不開，也有B方案可考慮。台灣鐵道暨國土規劃學會理事鄭羽哲認為，把東部幹線的自強號或普悠瑪全數由南港站發車，也是一個可以部分紓解樹林到南港之間擁擠的排班的選項，加上南港有台北捷運轉乘，相較之下是可以考慮的方案；這個方案不必多花錢，只需要提出數據說服民眾，「移到南港站上下車雖然有一點不方便，但可以增加多少班、多少票？」以此減輕往返花東搶票的辛苦。

這名資深司機強調，如果宜蘭線的車站都有軌道提供待避，普悠瑪或太魯閣即可利用車站超車，讓快速過彎的優點得以充分發揮；但目前因為無法待避，即使過彎快也得慢慢開，運行效率大打折扣。

另位不願具名的司機員就說，「這才是前瞻軌道建設應該做的事，」把以前沒做好的事一次改到位，例如百福、四腳亭、猴硐等站，只要能增建備用軌道，提高列車待避與交會的彈性，不用花好幾億元的預算就能讓班次變多，但很可惜這件事向上反映多次，依舊石沉大海。

2005年後蘇澳至花蓮間「北迴線」全線雙軌化、運量大幅提升，但這區段是全台鐵路網中最多貨運列車的地方，也是台鐵賺錢的「金雞母」。但是，載運水泥以及煤礦的貨運列車，時速僅有一般列車的一半，堪稱是「移動路障」。

過去台鐵曾經規劃利用北迴舊線增闢為第三軌與第四軌，希望將客車與貨車分流，提高客車班次解決花蓮一票難求的問題，但這項工程估算要耗資近800億元，計畫礙於經費過於龐大而暫緩。

不過有台鐵司機員指出，貨運是台鐵重要的收入來源之一（平均每日收入200萬元），尤其北迴線更是最大宗，要台鐵去調動或縮減貨運列車，當然不可能，「只是不懂為什麼連徹底要求水泥廠準點、發車，都做不到？」貨運列車經常因為各種因素延誤出班，而且動輒2、3小時，對於司機員的排班以及車班調度都是一大問題，該名司機員強調，「其實只要讓貨車準時，再透過車站內的待避軌道，仍可讓東部線客車班次增加。」

花蓮到台東的電氣化完成後，部分路線的截彎取直以及開挖隧道，總計已有5個路段完成雙軌化。然而，總長150.864公里的台東線，目前卻僅有40.9公里雙軌化，且分散在「壽豐─南平」、「萬榮─光復」、「瑞穗─三民」、「玉里─東里」與「山里─台東」5個路段，單、雙、單、雙軌不能串聯，更造成列車排班極大困擾。

舉例來說，一班普悠瑪號得在上述這5個路段超越同方向的慢車之外，還得在這5個路段和對向會車，只要稍有誤點，可能就會影響一整天的排班，最明顯的例子都會出現在假日尖峰時段，只要一班車延誤，就會出現連鎖誤點。為了避免這個情況，台鐵在固定排班上都會保留餘裕，雙軌路段也無法充分利用。

對於司機員來說，他們都認為，台東線不應該先電氣化，而應該先雙軌化。目前局部的雙軌反而更增加運用的難度，加上這個路段站與站之間動輒超過10公里，一列車行駛在這段單軌的閉鎖區間就得花上幾分鐘，對向列車也要花同樣的時間，一來一往之間，班次不可能再加開。

4大瓶頸問題，台鐵內部也很清楚，但為什麼不做？

台鐵副局長兼發言人杜微解釋，解決瓶頸包含北宜直鐵等路線的大幅改善，當時評估經費遠超過買新車的200億元，因此決定改線不如買車。鐵道局當時決策認為在有限經費下，象徵現代化的電氣化先做，並把部分瓶頸改為雙軌，等日後有經費再來做全面雙軌化，但這是興建者（鐵道局）角度，接手建設的使用者（台鐵）只能概括承受決策後的結果。

「台灣長期以來的交通政策，並沒有做好長遠的國土規劃。」台灣鐵道暨國土規劃學會理事長吳易翰認為，假如能以未來20年台灣需要什麼樣的交通建設來思考，雖然各有各的論點，相信做出來的結論「雖不中，亦不遠矣！」如果還只是停留在哪一個方案要花多少錢，最終選擇花比較少錢的方案，那政策性的錯誤還是會繼續發生。