「兩德統一條約 」是一份在德國聯邦法律公報中長達361頁的法律文件，當中不但規範西德法律如何適用於東德地區，同時也決定東德舊有的法律體制在哪些範圍內得以繼續存在。換言之，兩德統一條約本身已經相當大程度的決定了轉型正義所採取的形式以及所能達成的效果，關於處理的項目與細節，以下擇其要者分別說明。

東德時期，東德政府的國家安全部（Ministerium für Staatssicherheit）對於其人民進行滴水不漏的監視與控制。1989年東德圍牆倒塌時，國安部底下共有約9,500名正職員工以及18萬名線民， 構成嚴密的社會監視網。依照前東德國安部檔案聯邦專員網站上2016年5月的最新數據，國安部自1950年成立以來近40年內所累積的監控檔案資料，光是書面資料排列起來就長達112公里，這當中包含總長12公里、共計4千1百萬張的個人資料檔案卡。除此之外還有2萬4千多份錄音檔、2千8百多份影片資料，以及照片、底片、幻燈片共約170多萬張。

在公民社會的強大壓力下，兩德政府就統一條約做成附加協議，確定處理此一檔案資料的基本原則是：必須確保「對於前東德國家安全部之行為的政治、歷史及法律回顧探討」能夠順利進行。

1991年依據此一原則所制定的《前東德國安部檔案法》秉持的主要精神為：檔案的開放必須同時兼顧隱私權的保障以及還原歷史真相的轉型正義需求。這精神具體展現在被害人與加害人的清楚區別，例如該法第34條規定，必須經過當事人同意之後，媒體才能調閱一般民眾的檔案；國安部工作人員的檔案原則上開放媒體調閱。又例如該法第13條賦予被害人完整的個人檔案閱覽權，包括有權得知檔案內以化名出現的國安部工作人員的真實姓名。

清楚區別被害人與加害人的做法衍生出一個問題：兩德統一後，許多檯面上的東西德政治人物表面上並非東德時期的加害人，因此其國安部檔案（當年國安部也同時系統性地監視西德公民）被歸類為被害人檔案，受到法律高度保障，公眾無法輕易調閱。然而政治人物身為眾所矚目的公眾人物，本應受到媒體更嚴格的檢視，尤其是如果有任何蛛絲馬跡顯示某政客當年疑似曾擔任國安部線民，國安部檔案所能提供的資訊更顯得必要。

因此，《前東德國安部檔案法》的相關規定成了新聞調查報導與歷史研究的一大障礙，公眾知的權利與公眾人物的隱私權出現了衝突。由於在實務上司法屢屢發生與此相關的訴訟爭執，因此國會於2002年修正了相關規定。依照新法，公眾人物、政治人物以及公職人員的個人檔案，如果涉及其在當代歷史中所扮演的角色、政治權力的行使或者公務的執行，在不至於侵害當事人重大法律利益的前提下，可開放調閱。

如上所述，國安部檔案的開放，導致兩德統一後有部分德國政治人物必須面臨曾經擔任國安部線民的指控，此類爭議層出不窮。

1990年起長期擔任布蘭登堡邦總理的史鐸佩（Manfred Stolpe）坦承在東德時期與國安部有過聯繫，卻堅決否認曾替國安部從事情報工作，因此與當年擔任首任「前東德國安部檔案聯邦專員」的高克（Joachim Gauck，現任德國總統）發生激烈衝突。高克堅稱國安部檔案可以證明史鐸佩當年曾擔任線民，這項消息在1990年代初期的德國政壇引起軒然大波。

受此一事件刺激，德國政界廣泛認知到，東德晦暗歷史的真相並不明朗，國會因此於1992年以及1995年成立了2個歷史真相調查委員會，分別為：「德國統一社會黨獨裁政權歷史與遺緒之回顧反省」以及「於德國統一進程中超克德國統一社會黨獨裁政權遺緒」。

2個調查委員會各自於1994年與1998年發表了長達300餘頁的調查報告，第二份調查報告中更建議成立「德國統一社會黨獨裁政權回顧與反省基金會」，也就是日後人稱「轉型正義基金會」的公法人基金會，持續推動有關東德轉型正義的各項歷史教育活動。

除此之外，《聯邦檔案保全與使用法》（Gesetz über die Sicherung und Nutzung von Archivgut des Bundes，簡稱聯邦檔案法）於1992年修法， 聯邦檔案局之下新設立「東德政黨與人民團體檔案基金會」，前東德政黨與人民團體持有的檔案只要不涉及個人資訊，依照聯邦檔案法第2a條的規定，不受封存30年的限制，可立即開放調閱。《前東德國安部檔案法》、《聯邦檔案法》第2a條，以及東德政黨與人民團體檔案基金會組織章程共同成為公務員體系人事除垢以及過濾公職應徵者的有效法律工具。

依照前東德國安部監控檔案聯邦專員網站上所提供的數據，從1991年到2015年底，全國各行政機關為了進行公務人員人事審查而申請調閱國安部監控檔案資料的申請案共有175萬餘件。

依據前東德國安部檔案法的法制設計，基於一般公務員人事審查的需求而提出的調閱申請只開放到2006年底，基於審查主管級公務員的需求而提出的申請案也只開放到2011年底。在此之後，只對特定人事案的審查需求繼續開放檔案調閱，亦即那些職務內容與東德轉型正義直接相關的公務人員，例如前東德國安部檔案聯邦專員、辦理東德轉型正義補償事務的公務員，以及研究東德歷史與東德轉型正義的公家研究機構人員。

於1992年年底首先頒布生效的是《前東德地區違反法治精神之刑事追訴處罰被害人平反與補償法》。 該法開宗明義第1條就規定，1945年（當時還是蘇聯占領區，東德1949年才成立）至1990年間於東德地區作成的刑事判決如果違反「自由法治秩序的基本原則」，當事人可以請求法院撤銷該判決。

所謂「抵觸自由法治秩序的刑事判決」，包括處罰過重、明顯違反比例原則的判決，以及造成政治迫害的判決。是否構成政治迫害當然有模糊判斷空間，依照本法規定，例如當年以東德刑法典的汙衊國家罪、非法出境罪、幫助國民非法出境罪等作為處罰依據的判決，都屬於政治迫害判決。另外，該法第1條第1項第2款還直接指名1950年引發國際譴責的「華德海默納粹戰俘大審判」（Waldheimer Prozesse）相關判決，皆與自由法治秩序的基本原則相互抵觸。

一旦判決被法院認定為抵觸自由法治秩序而撤銷，被害人便可依據本法，獲得因人身自由被剝奪而被賦予的金錢補償請求權，補償金額依監禁的時間長短來計算，也就是每月300歐元乘以總監禁月數。如果因為監禁而健康受損，同時有獲得醫療照護的請求權。如果因為當年判決而有財產遭沒收，可請求返還或補償。如果被害人目前經濟困窘，並額外可請領受害人扶助津貼。

於1994年7月生效的《前東德地區違反法治精神之行政決定撤銷與附隨請求權法》，賦予被害人聲請法院撤銷當年東德行政機關造成健康損害、財產侵害以及職業上不利影響的行政決定，並請求補償的權利，前提是該行政決定直接抵觸法治國的重大基本原則，至今仍持續對當事人產生直接、嚴重、且無法合理期待當事人必須忍受的負面影響。

所謂「直接抵觸法治國重大基本原則的行政決定」，依照該法第1條第2項的規定，是指嚴重抵觸正義原則、法安定性原則或者比例原則，或者造成政治迫害或明顯出於恣意的行政決定。另外，該法第1條第3項還直接指名，當年強迫遷移居住於東西德邊界地區居民的行政決定，以及隨之而來的強制徵收不動產決定，皆直接抵觸法治國重大基本原則。

與行政決定撤銷法一同生效的《前東德地區政治迫害受難人所受職業上不利對待補償法》則進一步規定，如果上述判決撤銷法或行政決定撤銷法所認定的應受補償的判決或決定，同時也導致被害人當年受到職業上的不利對待時，那麼被害人有權請求補償。 這當中最重要的類型是因為判決或行政決定的緣故而失業，因此在退休金的計算上受到不利影響。本法第11條規定，因為這類判決或行政決定而導致失業的期間，法律上視為被害人仍有按月扣繳退休金。

關於回復東德時期被國家不當侵奪的財產，早在圍牆倒塌後兩德統一前，東德唯一一屆民主選舉產生的國會便已制定完成《懸而未決的財產問題處置法》， 兩德統一條約中並明白規定，本法在兩德統一後依然是德國的有效法律。

由於如前文「法律中的不正義與超越法律的正義」所述，東德政府並未針對納粹政權不當侵奪人民財產做出適當的轉型正義努力，所以本法一併處理納粹時期與東德時期的財產侵害問題。重要案件類型包括國家強制徵收卻未給付補償金（第1條第1項第a款），國家以詐欺、濫用公權力等方式取得人民財產（第1條第3項），人民逃離東德後不動產被充公（第1條第4項第1款），納粹時期因為種族因素被迫出讓或放棄財產權利（第1條第6項）等。

此財產歸還法制的一大例外是1945至1949年被侵奪的財產，當時東德地區還是蘇聯占領區。由於德國統一條約締結時，東西德代表明白接受了蘇聯方面不承擔任何財物返還或補償責任的表示，所以本段期間內發生的財產損失便依照統一條約內的約定，被排除在財產問題處置法的適用範圍之外，被害人只能透過另一個特別法，請求微薄補償。

此一差別待遇引發許多訴訟爭執，被害人在德國國內一次次遭受敗訴，相關案件最終卻來到歐洲人權法院。然而歐洲人權法院於2005年決定不受理本案， 主要理由是德國就彌補外國政府在德國土地上的侵權行為，享有廣泛的裁量決定空間。歐洲人權法院此一決定等於永遠關閉了相關被害人以司法途徑獲得權利救濟的可能性。

東德共黨政權的罪行，與轉型正義最相關者大致如下：

若與戰後西德對納粹罪行的刑事追訴相較，統一後的德國就東德政權罪行所進行的刑事追訴有一個很明顯的差異點：由於不存在「審判自己人」的狀況（當年西德的許多法界、政治界高層也在納粹時期擔任要職，東德的共黨菁英則在統一後被從國家公務體系淘汰掉），犯罪追訴工作的啟動幾乎沒有任何延遲，統一後立即迅速展開。

兩德統一條約修正了德國刑法施行法第315條，規定在兩德統一之後如果法院遇到需要審判東德時期犯行的情形，只有在被告違反當年東德的刑法規定時才應受到制裁，而且「刑罰從輕」的刑法基本原則仍須被遵守。換言之，如果當年的東德犯行依照當年的東德刑法屬於應受制裁的行為，然而審判時處罰相同行為的德國刑法條文卻規定了較輕的刑罰，統一後的法院就必須依據新條文做出判決。

由於最高法院的判決表面上直接抵觸德國刑法施行法第315條的規定，相關案件因此來到聯邦憲法法院。在1996年著名的東德圍牆士兵案中憲法法院認為， 德國刑法施行法第315條的規定是為了確保「罪刑法定」的法治國基本原則，因此原則上東德時期的犯行的確只有在違反當年東德有效的法律時才應受到制裁，但在極端例外的狀況，特別是基於歷史的偶然，民主德國的法院必須依據非民主東德政權的舊法律進行審判時，如果該政權的刑法規定一方面嚴禁殺人，一方面卻又把不正義的屠殺行為（例如射殺企圖逃離東德之人）列為可以被正當化的殺人理由，民主德國執行這樣的法律等於是違反了其憲法的法治原則。

合法化圍牆格殺令的法律是否已達到拉德布魯赫公式中所說的極端不正義，在法律理論上其實不無爭議。 在現實世界裡，憲法法院此一判決一舉掃除了以拉德布魯赫公式審理此類案件的違憲疑慮，因此德國各地法院不僅能夠針對違反東德法律的當年犯行加以判刑，連在犯行符合當年法律，該法律卻被法院認定為極端違背正義的情形也得以將加害人繩之以法。

針對東德加害人的刑事審判中，知名度極高的是東德獨裁者何內克的接班人克倫茲（Egon Krenz）的案件。

圍牆倒塌當時克倫茲位處東德權力最頂峰，身兼東德共黨總書記與國務委員會主席的職位。他於1997年被柏林邦法院判決認定教唆殺人罪行成立，然而依照判決當時有效的德國刑法只從輕判處幫助殺人罪、服刑6年半。由於歐洲人權公約第7條也明訂「罪刑法定原則」，所以克倫茲最後上訴至歐洲人權法院請求司法救濟。歐洲人權法院於2001年判決認定德國未侵害克倫茲的人權，因為法院認為，克倫茲如果正確理解東德法律或國際人權法，應該都能知道圍牆格殺令是法所不容的罪行。

審慎開放國安部檔案用於回顧與反省歷史過去、公務機關的人事除垢，以及被害人的補償，都是德國在對東德過往進行轉型正義工程時成果堪稱豐碩之處。相對的，由於刑罰從輕，雖然檢察機關當初開啟了7萬5千餘件案子，針對10萬5千餘名嫌犯進行東德時期犯行的司法調查，最終只在1,021件案件中起訴了1,737人，這當中只有753名被告最後獲得有罪判決。580名獲判徒刑的被告中，更只有區區46人未獲緩刑而必須真的去坐牢。

不過曾任「前東德國安部檔案聯邦專員」的前東德民運人士瑪麗安納．畢爾特勒（Marianne Birthler）並不同意這句話。

「許多人錯誤地期待獲得自由之日便是正義降臨之日，但還記得猶太人逃出埃及之後的故事嗎？是的，他們在荒野中流浪40年，許多人因此想回埃及重新當奴隸，因為確定感此時看來比自由更吸引人。出埃及記是完美的比喻，我們不能走回頭路。」她在一次媒體專訪中如是說。