皮諾契（Augusto José Ramón Pinochet Ugarte，1915～2006）或許至死都不認為自己和當年參與軍事政變的協力者，應為政變以及統治期間的人權侵害道歉。

1973年9月11日，陸軍總司令皮諾契指揮軍隊包圍總統府拉莫內達宮，推翻民選總統阿言德（Salvador Isabelino Allende Gossens，1908-1973）執政的社會主義左翼政府，展開他對智利長達16年半的軍事獨裁統治。

1994年一場慶祝軍事政變週年的彌撒裡 ，已卸下總統職位4年的皮諾契將軍告訴當年的政變協力者，毋須為誰感到抱歉，他質問：「我們要向誰請求原諒？向那些曾試圖殺害我們的人嗎？向那些打算毀掉我們國家的人嗎？向誰？他們才是應該對9月11日之前所作所為請求原諒的人。」

皮諾契這番話觸及智利轉型正義初期的痛處。在這段時間裡，民主政府囿於延續自威權時期的法律規範而備受限制，司法界仍未擺脫過去受威權籠罩的影響，重生的公民社會尚在重塑對於過往威權統治的共同記憶⋯⋯

1988年10月5日，智利踏出終結軍事獨裁統治，重回民主制度的重要一步。在這一天的總統公投裡，有55.99％的選民投下NO，反對皮諾契繼續擔任智利總統。1990年3月11日，智利正式結束長達16年半的軍人統治。

1990年4月下旬，甫上任的艾爾文總統（Patricio Aylwin Azócar，1918-2016）行使行政權，以最高命令（decreto supremo）成立「國家真相與和解委員會」（Comisión Nacional de Verdady Reconciliación，以下簡稱「真和會」）。

艾爾文在競選期間提出的政見之一就是「真相與正義」，他表示，民主政府將會盡全力還原人權侵害案件的真相，同時根據既有的刑法規定審判這些人權侵害案件。右派陣營則認為，記憶舊傷痕對於智利社會而言並沒有任何好處，就算要調查真相，也應該由法院主導。新政府上台後，儘管朝野對於是否成立真和會莫衷一是，卻未影響它的成立。

由於1990年的瑞特格委員會僅調查重大人權侵害，例如死亡或失蹤案件，2003年8月，智利再次組成「國家政治監禁與凌虐委員會」（Comisión Nacional Sobre Prisón Politica y Tortura），將真相調查範圍擴大至未造成死亡的酷刑與非法監禁，由維拉奇主教（Sergio Patricio Valech Aldunate，1927～2010）擔任委員會主席。

若單從艾爾文總統一就職旋即成立真和會來看，智利的轉型正義之路看似順利，實際上卻並非如此。新政府必須面對的阻礙至少有4個面向，分別是1980年通過的憲法、1978年通過的特赦法、仍然強勢的軍方勢力以及保守的司法實務界。

與許多轉型正義國家不同，智利是民主化之後繼續使用舊憲法，未制定新憲法的民主轉型國家（另一個實例正是台灣）。皮諾契在政權穩定之後，於1980年制定憲法，儘管這部智利憲法在智利民主化後幾經修正，但仍然是智利至今有效的根本大法。

1980年代晚期，民主人士為了換取1988年公投順利進行，向軍政府妥協，同意未來若執政將願意受1980年憲法拘束。遵守這部憲法，意味著智利將無法審判皮諾契。憲法規定，若皮諾契卸下總統職位，他將繼續擔任智利軍隊總司令。至1998年卸下總司令之職後，隨後成為終身參議員，享有終身豁免權。

憲法也規定參議院中有數名參議員不經民主選舉產生，這些指定參議員大多是前軍隊司令或警察首長。此外，1988年公投結束後，皮諾契政府制定了「雙席位制」（Binomial System）的國會選舉制度，防止多數黨獨大。因此，艾爾文總統執政時，即使執政黨在國會擁有多數，在野黨仍可保有一定席次與勢力，而參議院中則是由保守勢力主導，新政府欲廢除、制定法律或修憲均受掣肘。

皮諾契軍政府通過的諸多法規命令中，除了憲法，另一部阻礙智利推動轉型正義的法律是1978年4月18日通過的特赦法。這部加害者意圖卸責的法律，赦免軍政府在1973年至1978年緊急狀態期間的犯罪行為。

有效的法律與「依法」而治成為軍事獨裁者的盾牌。正如皮諾契在1989年大選期間，回應艾爾文政見中「真相與正義」時所說的：「一旦有人碰我的人，那一天法治就完了。我已經說過一次。不會再說第二次。但他們必須瞭解會是如此。」1990年真和會開始運作之後，皮諾契再次仗著1978年特赦法明確地警告當局，可別試圖無視有效法律，「碰軍人一根汗毛」。

由於皮諾契步下總統之位後，仍領有軍中職務，智利轉型正義遭遇的政治抵抗與威脅，有很大程度來自他與軍方勢力。這股勢力在智利1990年代轉型正義初期如附骨之疽，軍方甚至在1990年與1993年備戰威嚇新政府。

除了憲法、特赦法與軍方勢力之外，另一個阻礙是司法實務界的守舊態度。瑞特格報告出爐後，新政府呼籲對加害者究責，但司法界卻頗為被動。艾爾文批評司法實務界（尤其以最高法院為代表）過於保守，妨礙開啟司法審理程序或重啟因1978年特赦法而結案的案件。

民主政府原先的想法是，1978年特赦法不應成為法院調查的障礙，而瑞特格報告可以提供人權侵害資料，讓法院更進一步地深入調查。但實務上，司法機關對於特赦法的認定十分寬鬆，經常在調查初期便予以適用。許多民主轉型國家在推動轉型正義時，皆面臨這種司法實務界保守的困境。

皮諾契統治期間，智利主要是透過軍事審判遂行政治壓迫，未如巴西由普通法院法官與軍官一同主導司法鎮壓，也不像阿根廷大多未經司法審判，直接以武力鎮壓異議人士。但軍事獨裁期間司法界的溫順與不作為，導致民主化後，司法界對於轉型正義的立場相對保守，社會大眾也對於司法機關是否能夠捍衛人民的基本權利抱持懷疑。

另一方面，由於皮諾契當政時期，軍事審判幾乎擴及所有軍人所犯之罪，民主化後，軍方便以此質疑普通法院無權審理過去軍人所犯人權侵害案件。艾爾文執政第一年，涉及軍人犯罪的案件仍然交由軍事審判審理，最高法院也繼續准許人權侵害案件移交給軍事審判。曾有案例顯示，案件移交之後，軍法官旋即結案。1990年代初期，智利國會修改許多軍事審判法的規定，同時承認軍事審判制度正是威權時期導致重大人權侵害案件的幫兇之一。

由於民主化初期在各方面受到的限制，智利轉型正義初期著重在真相調查與賠償，加害者普遍不會受到司法追訴。一直要到1990年代中晚期，特別是1998年皮諾契在英國被捕前後，智利行政機關、司法界與公民社會對於過去人權侵害的投入才逐漸活躍了起來。

智利民間對於過往的威權記憶，對真相與正義的探詢，加上國際組織的影響（例如美洲人權法院），皆是促使智利社會轉變的原因。儘管1978年的特赦法依然有效，但是在1998年後，大多數法官已事實上不再適用特赦法，許多皮諾契時期侵害人權的加害者被判有罪，並且入獄服刑。這某種程度也體現智利的司法界，在轉型正義的刺激下，走向司法獨立的過程。

近年來，智利在國際上幾個重要指數評比（例如自由之家、民主指數或政體資料集）中，皆表現得相當傑出，民主制度日益健全。2005年，智利修憲取消終身參議員與指定參議員的規定。2015年通過新的選舉制度，採用比例代表制。此外，智利當局近年來也一直在推動廢除1978年特赦法，希望能藉此更符合國際人權標準。

然而，這些改變並不意味著智利的轉型正義已經圓滿結束。

2014年12月10日，適逢聯合國人權日，這一天也是皮諾契的忌日，智利右派政黨國會議員提議眾人替皮諾契默哀。儘管許多國會議員離席抗議，仍未能阻止右派議員向過去的獨裁者表達哀悼之意。威權的幽靈不會隨著當權者逝去就此消失，如何珍惜得來不易的民主果實，或許是智利人時時刻刻都該警惕的重要課題。